Die Galerie für Zeitgenössische Kunst Leipzig feiert 2008 ein zehnjähriges Jubiläum: Am 16.05.1998 eröffnete Klaus Werner die GfZK in der von Peter Kulka umgebauten Gründerzeitvilla. Mit diesem Ereignis erfüllte sich ein lang gehegter Traum des Gründungsdirektors, ein Haus für Gegenwartskunst in Ostdeutschland zu errichten. Mit den beiden Ausstellungen [Collection 98], kuratiert von Klaus Werner, und ONTOM, kuratiert von Jan Winkelmann, wurde ein programmatischer Auftakt gesetzt, der verschiedene Kunstbegriffe, Arbeiten aus Ost und West und von verschiedenen Generationen verband.
Erste Überlegungen zu einem Stiftermuseum für internationale und aktuelle Kunst stellte Klaus Werner bereits vor der Wende an. Während einer Atelierreise des Gremiums Bildende Kunst des Kulturkreises der deutschen Wirtschaft im BDI e.V. durch die DDR präsentierte er die Idee des Stiftermuseums für internationale und aktuelle Kunst und fand in Arend Oetker, dem Vorsitzenden des Gremiums Bildende Kunst, einen Mitstreiter. Bei der Eröffnung der Ausstellung Zeitzeichen im Museum der bildenden Künste Leipzig am 10.11.1989 wurde der Aufruf zur Gründung dieses Stiftermuseums in die Öffentlichkeit getragen. Die Wende ermöglichte dann schrittweise eine modifizierte Realisierung. Anfang der 1990er Jahre widmeten sich Klaus Werner und Arend Oetker mit großem Enthusiasmus den politischen und ökonomischen Voraussetzungen für die Leipziger Galerie Galerie Arkade [Collection 99] und [Collection 2000] und Einzelausstellungen von Horst Bartnig, Michael Morgner und Neo Rauch. Mit einer Vielzahl an Aktivitäten machte er innerhalb der ersten drei Jahre die GfZK national und international bekannt. Sein Interesse war, wie in den Jahren zuvor, auf neue Entwicklungen in der Kunst gerichtet, ohne ältere Positionen aus dem Blick zu verlieren. Auch hier ging es ihm um Verbindendes.
Klaus Werner leitete die GfZK bis Ende 2000 und wurde danach Rektor an der Hochschule für Grafik und Buchkunst Leipzig.