Die Gründung der Galerie für Zeitgenössische Kunst Leipzig (GfZK) steht in einem engen Zusammenhang mit der politischen Wende in Deutschland. Sie geht maßgeblich auf die Initiative des ostdeutschen Kunstwissenschaftlers Klaus Werner zurück, der bereits in der DDR die damals utopische Idee formulierte, ein „Stiftermuseum für internationale und aktuelle Kunst“ zu gründen. Eine zentrale Rolle für die spätere Verwirklichung dieses Vorhabens spielte ein Zusammentreffen mit dem Gremium Bildende Kunst des Kulturkreis der deutschen Wirtschaft im BDI e. V. im Sommer 1989, bei dem die Idee zur Einrichtung eines Museums für internationale Gegenwartskunst in Ostdeutschland aufgegriffen und weiterführend diskutiert wurde.
Die politischen Ereignisse der folgenden Monate bestärkten das Vorhaben mit unerwarteter Kraft. Im November 1990 gründeten Klaus Werner und Arend Oetker (Mitglied des Kulturkreises) den Förderkreis der Leipziger Galerie für Zeitgenössische Kunst e. V., der bis heute aktiv ist. Das Engagement des Kulturkreises verschaffte dem Anliegen Gewicht und Aufmerksamkeit. Zudem halfen die Bekanntschaft und der Dialog mit Künstler*innen, Museumsleiter*innen, Sammler*innen und Mäzenen sowie die Verhandlungen mit den politischen Entscheidungsträger*innen dabei, die ambitionierten Ziele umzusetzen.
Nachdem man zunächst ohne eigene Ausstellungsräume an verschiedenen Standorten in Leipzig arbeitete, konnte 1998 nach einem Umbau der Herfuth’schen Villa durch Peter Kulka das eigene Museumsgebäude eröffnen und die bis dato einmalige Gründung eines Museums für zeitgenössische Kunst in Ostdeutschland nach der Wiedervereinigung besiegelt werden.
Unter der Leitung von Klaus Werner entstand ein Ort, an dem künstlerische Arbeiten aus Ost- und Westdeutschland gemeinsam präsentiert und in verschiedene, internationale Zusammenhänge gestellt wurden. Die Veränderungen des politischen, gesellschaftlichen und urbanen Umfelds (im postsowjetischen Raum) haben die Programmatik der 2000er-Jahre unter der Direktorin Barbara Steiner geprägt. Mit der Einrichtung einer eigenen Abteilung wurde der Kunstvermittlung ein deutliches Gewicht innerhalb der GfZK verliehen. Für die Erweiterung der Aktivitäten konnte im Jahr 2004 in Zusammenarbeit mit der Architektengruppe AS-IF der GfZK-Neubau realisiert werden. Im Jahr 2012 übernahm Franciska Zólyom die Leitung der GfZK.